Çoban Mustafa Paşa tarafından 1510 yılında yaptırılan Çoban Mustafa Camisi ve Külliyesi'nin erkek tuvaletinde bir süre önce yeni düzenlemeler yapıldı. Tarihi caminin tuvaletinde duvarlar mermerle kaplanarak üzerine pisuvarlar monte edilirken, pisuvarların arasına da yine mermerden paravanlar konuldu. Ayrıca, yeni lavabolar yapıldı. Ancak tarihi caminin dokusunu bozan düzenleme tepki gördü.
Gebze Tarih Araştırma Komisyonu Başkanı Resul Orman, tarihi yapının özelliğini bozmayacak şekilde düzenlemeler yapılması gerektiğini belirterek şöyle demişti: "Külliyenin lavabolarının modernize edilmiş haliyle halkın önüne sunulduğu, tarihi dokuya zarar verdiği için biz tarihçiler ve tarih gönüllüleri olarak bu süreci istemiyoruz. Restorasyonun aslına uygun yapılmasını uygun görüyoruz. Külliyenin tarihi dokusuna zarar vermesinler, yetkililer bu işi bilenlere yaptırsınlar."
Restorasyondaki skandal kamuoyunda duyulunca, Kocaeli İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü harekete geçti. Koruma Kurulu Bölge Müdürlüğü camide incelemede bulundu. Koruma Kurulu’nda ikinci bir karar alınıncaya kadar restorasyon işlemleri durduruldu.