Bir süre öncesi tarihi camide başlatılan restorasyon çalışmaları kapsamında tuvalet kısmına pisuvar yapılmıştı. Basında çıkan haberler üzerine tarihi dokuya zarar verildiği gerekçesiyle restorasyon çalışmaları durduruldu. Ayrıca, tartışmalara neden olan pisuvarlar da söküldü.
Tarihi Çoban Mustafapaşa Cami Gebze’de 1523 yılında yapılmıştı.