Zeki Aygün, 22 Temmuz 1953 yılında Kocaeli Derince'de dünyaya geldi. Babasının ismi Muhammet, annesinin ismi Fatma'dır. İDMM Akademisi Yıldız Teknik Üniversitesinden mezun oldu.
Zeki Aygün, Lüleburgaz Doysan Yağ Sanayi Şantiye Şef Yardımcısı, Düzce Timak Tarım Aletleri fabrika inşaatlarında Elektrik Şantiye Şefi görevlerini sürdürdü. 1981'de Ünka İnş. Tes. San. ve Tic. Ltd. Şirketini kurdu ve 1981 yılından bugüne şirketin yönetim kurulu başkanlığını sürdürdü. Sanayi kuruluşlarında önemli projelerin taahhüdünü üstlendi. AK PARTİ Kocaeli İl Yönetim Kurulu Kurucu Üyeliği, İl Başkan Yardımcılığı ve AK PARTİ Kocaeli İl Başkanlığı görevlerinde yer aldı. AK PARTİ MKYK Üyesidir.
24. Dönemde Kocaeli Milletvekili seçildi. Çevre Komisyonu Üyeliği yaptı.
Orta derecede İngilizce bilen Zeki Aygün, evli ve 3 çocuk babasıdır.